Le ministre de l'Agriculture Stéphane Le Foll a été auditionné le 23 octobre 2012 par la commission des affaires économiques de l'Assemblée nationale. Le rapporteur de la commission, Marie-Lou Marcel, députée socialiste de l'Aveyron, a donné un avis favorable pour ce budget de 3,31 milliards d'euros en autorisation d'engagement et de 3,36 milliards d'euros en crédits de paiement.
En introduction à la défense de son budget, le ministre de l'Agriculture a insisté sur une baisse globale de 3 % des crédits du ministère et de l'enseignement (et 5 % hors enseignement) et s'est félicité d'un budget qu'il estime être préservé. Il a également rappelé son attachement à l'agriculture et sa connaissance du milieu.
Au sujet des 210 millions d'euros (M€) récoltés pour financer la baisse des cotisations patronales sur le travail permanent, et qui n'ont pas été utilisés puisque la mesure a été retoquée par Bruxelles, Stéphane Le Foll a promis qu'une partie reviendra à la MSA (environ les deux tiers).
Il a également confirmé la fongibilité des enveloppes entre les plans et les régions, pour assurer le financement du plan de modernisation des bâtiments d'élevage (PMBE) notamment.
Le ministre a rappelé que les exonérations pour les travailleurs occasionnels ont coûté 610 M€ en 2012, alors que 500 M€ ont été budgétés dans le projet de loi de finances (PLF) pour 2012. Le ministre a voulu maintenir ce budget à 500 M€ dans le PLF 2013, c'est-à-dire une réduction par rapport à l'utilisation de 2012. Les crédits seront concentrés sur les bas salaires et devraient, selon le ministre, concerner 91 % des emplois occasionnels.
Stéphane Le Foll s'est engagé à modifier les dispositifs DPI et DPA. « La DPI avait un intérêt pour la défiscalisation du matériel agricole, ce qui avait du sens il y a 30 ou 50 ans pour la modernisation des exploitations », a expliqué le ministre. La DPI sera utilisable sur les stocks à rotation longue comme les fourrages pour les éleveurs. La DPA est en cours de discussion et le ministre a reconnu qu'« elle est aujourd'hui très contraignante ».