Le retour de températures nocturnes plus fraîches permet un refroidissement des céréales et oléagineux stockés. Après une première ventilation sitôt la moisson, ce second palier vise à atteindre les 10-12°C.
A ce niveau, insectes et acariens ne se multiplient plus. Afin de minimiser le coût, la ventilation peut être gérée à l'aide d'un thermostat. Si le silo se situe près des habitations, la mise en place d'un dispositif antibruit acheté ou composé de simples bottes de paille est conseillée.