« Dans de nombreux départements, les élus représentant les coopératives dans le collège “coopération-mutualité” s'affichent comme étant élus au titre d'une organisation syndicale (notamment FNSEA) », s'inquiète la Confédération paysanne, qui dénonce « une confusion totale sur la nature des mandats confiés au titre de la représentation des adhérents de coopératives ».
Dans une lettre ouverte du 25 janvier 2013, le syndicat demande au président de Coop de France, Philipe Mangin, de « veiller à l'avenir à ce que tous paysans puissent voir leurs intérêts de producteurs défendus, indépendamment des choix syndicaux qu'ils peuvent faire par ailleurs ».
« Ce genre de confusion et cette confusion des genres doivent cesser, clame les confédérés. L'indépendance des organismes économiques coopératifs doit être respectée ! »