Le Japon et la Mongolie ont signé le 22 juillet 2014 un accord de libre-échange à l'occasion de la visite à Tokyo du président Tsakhia Elbegdorj, marquant la volonté de Tokyo de se renforcer économiquement dans ce pays riche en matières premières. Le président mongol et le Premier ministre japonais, Shinzo Abe, se sont déclarés « satisfaits du partenariat » entre les deux pays.
Selon l'accord, toutes les exportations mongoles seront totalement exemptées de droits de douane au Japon, tandis que 96 % des exportations japonaises le seront à l'entrée de la Mongolie, et ce d'ici à dix ans. Concrètement, la Mongolie va supprimer les 5 % de droits de douane sur les voitures japonaises, tandis que le Japon fera disparaître ses taxes d'importation sur la viande de bœuf de Mongolie. L'accord bilatéral devrait également faciliter les investissements japonais en Mongolie en leur assurant une meilleure protection légale.
Le commerce bilatéral reste assez modeste et s'est monté à 307 millions de dollars l'an dernier, tandis que les investissements directs japonais en Mongolie ont atteint près de 207 millions de dollars également l'an dernier à la fin de septembre. « La balance commerciale est actuellement au bénéfice du Japon mais cela pourrait changer rapidement si les importations de richesses minérales augmentaient », a indiqué à l'AFP un haut responsable du ministère du Commerce.
Le Japon est actuellement engagé dans plusieurs négociations commerciales simultanées, les deux plus importantes étant d'un côté avec les 28 pays de l'Union européenne, et de l'autre en vue d'un partenariat trans-Pacifique avec 11 pays, au premier rang desquels les Etats-Unis.