Interrogé en mars 2012 devant l'Assemblée nationale sur le régime fiscal des Amap et leur assujettissement aux impôts commerciaux, Bruno Le Maire, alors ministre de l'Agriculture, avait répondu (Journal officiel du 7 avril 2012) en affirmant qu'une Amap avait pour objet de rapprocher consommateurs et producteurs en assurant à un professionnel l'écoulement de sa production.
Il précisait qu'à ce titre, « elles participent au développement économique de l'exploitation en entretenant des relations privilégiées découlant sur un avantage concurrentiel ». Elles sont donc « considérées comme poursuivant un but lucratif et sont logiquement soumises aux impôts commerciaux » (lire La France Agricole du 4 mai 2012, page 57).
Dans un communiqué du 9 octobre 2012, le Mouvement interrégional des Amap conteste cette analyse et dénonce une « profonde méconnaissance » des Amap. Il rappelle que, selon une charte, une Amap n'a aucune activité commerciale. Elle n'achète ni ne vend rien. Ce n'est pas une entreprise de distribution. Elle ne réalise aucun chiffre d'affaires et n'a donc pas de base imposable. La seule ressource monétaire perçue est le montant des adhésions à l'association.
Le mouvement rappelle également qu'une Amap n'est pas un intermédiaire commercial et que la transaction entre le producteur et le consommateur s'opère via des contrats individuels, sans intermédiaire. Il rappelle aussi que les Amap n'assurent pas un écoulement de la production comme l'affirme le ministre, elles n'ont pas pour objet d'assurer un service et les agriculteurs ne sont pas adhérents des Amap. Enfin, arguant de « l'intérêt général », le mouvement estime que les Amap peuvent prétendre à bénéficier d'un régime dérogatoire.
Pour toutes ces raisons, il appelle le nouveau gouvernement, Stéphane Le Foll et ses collègues des finances (Pierre Moscovici) et de l'économie sociale et solidaire (Benoît Hamon), à revenir sur la prise de position de l'ancien gouvernement.