Faisant suite à la requête des associations Eaux et Rivières de Bretagne et Bretagne vivante, par décision du 29 mars 2013, le tribunal administratif de Rennes a enjoint à l'Etat de modifier, sous trois mois, les arrêtés départementaux d'application du quatrième programme directive nitrates autorisant l'épandage de lisier sur maïs à partir du 15 février en le reportant à une date ne pouvant être antérieure au 31 mars. Le même jour, le tribunal a annulé l'arrêté modificatif algues vertes des Côtes-d'Armor demandant l'intégration de mesures plus strictes sur les bassins versants algues vertes.
En revanche, la requête des FDSEA et JA du Finistère, qui contestaient les arrêtés pour des raisons inverses, a été rejetée. Ces derniers fulminent : « Force est de constater que les règles agronomiques se décrètent désormais dans les tribunaux ! Cela est inadmissible. »
Toutes ces décisions interviennent en pleine rédaction d'un arrêté régional relatif au cinquième programme d'actions directive nitrates.