La réforme des offices agricoles a été analysée par la Cour des comptes (enquête réalisée de janvier à mai 2011), saisie d'une demande d'enquête par le président de la commission des finances du Sénat en novembre 2010. Le 26 octobre 2011, des auditions étaient organisées par le Sénat pour décider des suites à donner à l'enquête.
En 2001, la Cour avait relevé le caractère complexe et coûteux des offices et suggéré leur regroupement. En dix ans, les structures sont passées de treize à quatre : l'ASP (qui verse 9,5 milliards d'aides agricoles), FranceAgriMer – FAM – (1,2 milliard d'euros d'aides agricoles, principalement de crédits nationaux), Odeadom (Outre-Mer) et Odarc (Corse). La France est aujourd'hui le pays de l'UE qui a réduit le plus le nombre d'organismes payeurs au cours de ces sept dernières années.
Cette restructuration visait à réaliser des économies de fonctionnement (de 48 à 56 millions d'euros et de 860 à 1.000 postes en équivalent temps plein) et à se caler sur l'évolution de la Pac de 2003. Le bilan est mitigé, les économies jugées insuffisantes.
Dans son rapport présenté le 26 octobre 2011, la Cour des comptes relève que la réduction de la masse salariale est enclenchée, même si elle est plus lente que prévue. Au total, 530 postes en équivalent temps plein seraient supprimés d'ici à deux ans (encore 160 en attente) sur les 4.000 existants en 2007.
L'organisation sur le terrain reste encore parfois chaotique. Auditionné par les sénateurs, Edward Jossa, le PDG de l'ASP, rappelle que « des gains de productivité importants ont été réalisés », notamment grâce à la fusion des systèmes informatiques et sur les contrôles : « Les contrôleurs se livrent désormais à plusieurs contrôles en seule fois, ce qui permet à l'exploitant de ne voir le contrôleur qu'une seule fois. La qualité du service rendu est donc au rendez-vous. »
La Cour des comptes s'interroge sur la pertinence de maintenir quatre organismes, sans toutefois prendre partie. En revanche, elle pointe du doigt le nombre de « conseils spécialisés » de FranceAgriMer (11 contre 9 offices avant la fusion – « ce qui paraît excessif »).
La rationalisation immobilière est, elle, conforme aux objectifs tant à Paris (passage de 52 à 32 implantations) qu'en province (de 49 à 32 sites pour l'ASP entre 2009 et 2012 et de 46 à 32 sur la même période pour FAM). En revanche, de gros chantiers informatiques sont encore à prévoir pour rationaliser tous les outils utilisés et ne pas perdre leur capacité à effectuer rapidement des versements de masse. Ils sont aussi indispensables pour réduire les refus d'apurement des dépenses communautaires (le taux de la France reste très au-dessus de celui du Royaume-Uni, de l'Allemagne ou du Danemark, mais « la France gère des masses financières beaucoup plus importantes », se défend le ministère).
Jean-Marc Bournigal, le directeur de cabinet de Bruno Le Maire, a souligné le succès de la réforme : « Comme nous ne pouvions pas nous permettre un ralentissement du paiement des aides aux agriculteurs, l'exercice était périlleux, d'autant que nous devions répondre également aux attentes des autorités communautaires. » S'il reconnaît que tout n'est pas parfait, il en appelle à la patiente des sénateurs : « La conduite du changement peut prendre du temps, mais elle a été menée tambour battant depuis 2009. Il faut donc savoir être patient. »