28.400 contrôles, ayant donné lieu à une procédure contradictoire écrite, ont été réalisés en 2006 au titre de la conditionnalité des aides. 66% des contrôles n’ont décelé aucune anomalie, selon le ministère de l'Agriculture. 86% des exploitations contrôlées n’ont eu aucune réduction des aides, preuve du professionnalisme des agriculteurs. 13,5% ont subi une baisse de 1% des aides. Moins de 0,5% des exploitations, soit 121, ont subi une réduction supérieure à 1%. La moitié d’entre elles (62) a perdu 15% des aides pour des fautes intentionnelles et un quart (29) ayant refusé le contrôle a perdu l’intégralité des aides.
Dans le domaine Environnement, 88% des contrôles n’ont relevé aucune anomalie. Parmi celles relevées au titre de ce domaine figurent surtout l’absence de plan de fumure et des cahiers d’enregistrements. Quatre contrôles sur dix pour l’identification animale ont décelé une anomalie, entraînant une réduction des aides dans moins de la moitié des cas. L’absence de notification de mouvements des animaux, une non-conformité entre passeports et animaux présents et un non-respect des délais de rebouclage étaient mis en cause. Les anomalies dues aux pertes de boucles des animaux étaient moins nombreuses qu’en 2005.
