La Cour européenne de justice (CEJ) a confirmé le jeudi 18 décembre 2008 près de 12 millions d'euros d'amendes à la FNSEA et ses associations spécialisées en élevage bovin à viande et lait, ainsi qu'aux abatteurs, pour entente illégale lors de la crise de la vache folle en 2001. Bruxelles leur reproche d'avoir «fixé un prix minimal d'achat pour certaines catégories de bovins» et «suspendu les importations de viande bovine en France». Ce qui constitue une violation du droit européen à la concurrence.
La FNSEA écope de la plus grosse amende, d'un montant de 9 millions d'euros. La FNB (Fédération nationale bovine) et la FNPL (Fédération nationale des producteurs de lait) devront s'acquitter de 1,08 million d'euros. Les JA (Jeunes Agriculteurs) devront payer 450.000 euros et la FNCBV (Fédération nationale de la coopération bétail et viande), 360.000 euros.
La Cour a ainsi confirmé une décision prise par un tribunal de première instance de la juridiction de Luxembourg en 2006. A l'origine, les amendes avaient été infligées en 2003 par la Commission européenne. Elles s'élevaient au départ à 16,68 millions d'euros mais avaient été ramenées à 12 millions d'euros par la justice.
L'affaire remonte à l'automne de 2001. En pleine crise de la vache folle, des mesures avaient été prises par l'UE pour soutenir le secteur face à la diminution de la consommation de viande, jugées toutefois très insuffisantes en France.
En octobre 2001, sous la pression d'éleveurs mécontents, quatre fédérations représentant les éleveurs de bovins (FNSEA, FNB, FNPL et JA) ainsi que deux fédérations représentant les abatteurs (FNCBV et FNICGV) avaient conclu un accord sur un prix minimal d'achat pour les bovins et la suspension de toutes les importations. En 2000, la Commission européenne avait levé l'embargo spécifique portant sur le boeuf britannique décidé en 1996, mais la France l'avait maintenu jusqu'en 2002.