Selon un rapport de l'Agence européenne de l'environnement (AEE) publié le 13 novembre 2012, la qualité des masses d'eau s'améliore, notamment depuis les deux dernières décennies, mais pas assez rapidement pour atteindre les objectifs fixés par la directive-cadre sur l'eau (DCE). Seuls 52 % des eaux de surface pourraient atteindre un bon état écologique en 2015 dans l'Union européenne.
Selon les données de 2009, plus de la moitié des eaux de surface en Europe n'avaient pas atteint le bon état écologique. Les engrais sont notamment en cause et les pollutions diffuses d'origine agricole concerneraient plus de 40 % des masses d'eau européennes des rivières et des eaux côtières et un tiers des eaux de lacs et de « transitions », selon le rapport.
Le bon état écologique concerne aussi l'hydromorphologie et pour restaurer la continuité naturelle des cours d'eau, le rapport préconise le « retour à la nature » de nombreux plans d'eau.
Concernant l'état chimique, si 10 % des eaux de surface européennes sont en mauvais état chimique, aucune donnée n'existe pour 40 % des eaux.
Dans l'ensemble, le rapport note que les concentrations de polluants sont plutôt en baisse. Mais si la diminution du taux d'ammonium pourrait permettre d'atteindre le bon état des eaux en 2015, ce sera le cas en 2027 pour le phosphore et il faudrait plusieurs décennies pour les nitrates, estime l'AEE.
