Dans son rapport de 2009 rendu public le 4 février 2009, la Cour des comptes a épinglé la complexité de la gestion des prêts bonifiés à l'agriculture.
Critiquant la lourdeur des procédures de gestion (multitude d'intervenants) et la faiblesse des contrôles, elle exprime des doutes sur l’intérêt réel des prêts bonifiés à l’agriculture par rapport à d’autres formes d’aides, s’agissant notamment de l’installation de jeunes agriculteurs. La Cour des comptes regrette que ses recommandations faites dans son rapport public de 2007 n'aient pour l'essentiel pas été suivies.
La Cour reconnaît néanmoins que le ministère de l’Agriculture a progressivement recentré le dispositif sur les seuls prêts à l’installation. De fait, en 2007, les prêts à l’installation ont représenté 54% des nouveaux prêts et 70% des encours. Le Crédit Agricole reste prédominant en termes de parts de marché, avec près de 83% des nouveaux prêts à l’installation.
Les prêts bonifiés à l'installation sont les seuls à être encore cofinancés par l'Union européenne (Fonds européen agricole pour le développement rural ou Feader) jusqu’en 2015. Or, la fin programmée du cofinancement des prêts à l’installation par le Feader oblige d’ores et déjà l’Etat à inscrire dans ses comptes la totalité des engagements de bonification au-delà de cette date.
De plus, la remontée sensible depuis 2006 des taux d’intérêt de marché a entraîné un accroissement de près de 40% du différentiel de bonification. A cela s'ajoutent, a renchéri le ministre du Budget, les frais de gestion prélevés par les établissements de crédits ( 8 M€/an) et les dépenses de fonctionnement du Cnasea liées à la gestion et au contrôle des prêts. Ces frais contribuent à rendre le dispositif particulièrement coûteux pour l’Etat.
Aussi le ministère du Budget reconnaît-il comme nécessaire de procéder à une analyse approfondie de l’efficacité et de l’efficience des prêts bonifiés. Cette analyse doit être menée au regard d’autres types de dispositifs existants comme les aides en capital (plan de modernisation des bâtiments d’élevage, plan végétal pour l’environnement) ou les aides directes (dotation jeune agriculteur), dont la gestion est moins complexe.
En 2008, pour un montant équivalent d’aides accordées, le paiement des prêts bonifiés a ainsi mobilisé 46 emplois en équivalent temps plein travaillé (ETPT) au Cnasea, contre 7 ETPT (équivalent temps plein, chiffre donné par le Cnasea) pour le paiement du plan végétal pour l’environnement et du plan de modernisation des bâtiments d’élevage.
