Le 1er janvier 2009, la République tchèque a pris la relève de la France à la tête de l'Union européenne. Le pays a intégré l'UE en 2004. Il est le deuxième des nouveaux entrants à conduire la présidence du Conseil européen, après la Slovénie. Le président actuel, Vaclav Klaus, conservateur et ultralibéral, est hostile à une Europe fédérale. Il combat ouvertement le traité de Lisbonne qui doit notamment permettre au Parlement européen d'être codécisionnaire sur le budget de la Pac. Les députés tchèques souhaitaient néanmoins ratifier le texte avant la fin de la présidence en juin 2009.
Le premier ministre, Mierk Topolanek, compte mettre à profit ces six mois de présidence pour «poursuivre les réformes libérales du budget et des politiques de l'UE, en particulier de la Pac».
«Le débat que nous voulons mener concerne surtout les paiements directs et leur schéma, a précisé Petr Gandalovic, le ministre de l'Agriculture. Au-delà de 2013, la Pac devrait être moins chère, plus flexible et plus juste». Il espère surtout une Pac égale pour les anciens et les nouveaux Etats membres. Petr Gandalovic proposera sa vision de l'avenir de la Pac à ses homologues européens à Brno, en République tchèque, du 30 mai au 2 juin 2009, à l'occasion d'un Conseil agricole informel.
Michel Barnier a laissé d'autres chantiers en cours à son homologue, comme le livre vert sur la qualité des produits agricoles ou la poursuite du processus de simplification de la Pac.
Au programme également de cette présidence: le bien-être des animaux au moment de l'abattage, l'étiquetage des denrées alimentaires, la distribution de denrées aux personnes les plus démunies de l'Europe ou encore la définition des zones défavorisées.