La crue de la Loire a touché plusieurs centaines d'exploitations alors que les bêtes étaient encore au pâturage.
Grâce à un système d'alerte efficace, les éleveurs ont pu préserver les cheptels bovins et les ovins de la montée des eaux de la Loire. Toutefois, au début de novembre, les prairies avaient toujours de l'herbe sur pied pouvant nourrir les bêtes encore un bon mois par temps clément.
Les agriculteurs ont dû rentrer rapidement le bétail ou le déplacer vers des zones plus élevées. Au-delà des bords du fleuve, sur près de trois kilomètres de largeur, des milliers d'hectares de pâturage et de cultures ont été recouverts jusqu'à trois mètres d'eau. Des agriculteurs sont restés bloqués plusieurs jours dans leur ferme. Le niveau de l'inondation a atteint de nombreux sièges d'exploitation détériorant les stocks de foin, l'enrubannage et la paille.
Les pompiers ont ravitaillé les cheptels isolés des routes et des chemins impraticables. Ils ont récupéré plusieurs animaux pris par la peur et le courant. Dans plusieurs villages, les animaux sont restés plus de 48 heures en stabulation libre les pieds dans 40 cm d'eau à attendre la décrue.
L'eau a souillé l'herbe. En charriant des branchages et des troncs d'arbre, elle a détérioré les clôtures. Dans le Gaec Theveniaud à Saint-Hillaire-Fontaine, dans la Nièvre, une centaine de bottes de foin de 500 kg a été mouillée et 50 bottes sous plastique ont été emportées par le courant. Grâce à l'aide d'un voisin qui a mis une stabulation libre à disposition, les éleveurs ont pu déplacer 60 vaches à l'abri en attendant la remise en état des bâtiments.
Les cultures sont aussi sérieusement touchées. Le maïs, dont la récolte n'avait pas encore commencé, a été envahi totalement. L'humidité va repousser en décembre la moisson et la fin des semis d'automne.
Dans la vallée de Chevenon (Nièvre), les cultures d'hiver récemment sorties de terre ont été ensablées. Dans d'autres zones, les jeunes pousses de blé, de colza ou d'orge ont été déterrées par le ruissellement du fleuve.
Après la baisse très lente du niveau de la Loire, les agriculteurs ont commencé à évaluer les dégâts et ont transmis ces estimations à leur commune, laquelle est chargée de faire la demande de classement en catastrophe naturelle auprès de la préfecture.