Le budget du ministère de l’Agriculture termine l'année 2007 avec un «trou» de 500 millions d'euros, a-t-on appris lors d'une discussion sur le budget de la mission ''Agriculture'' à l'Assemblée nationale en présence de Michel Barnier, le 18 juin 2008. C’est un peu moins que le déficit de 1 milliard d'euros identifié par Christine Lagarde en mai 2007 (sur un budget total de 5 milliards d’euros).
Michel Barnier a comblé ce déficit en rognant notamment 100 millions d’euros sur le plan de modernisation des bâtiments d’élevage et 300 millions par l’ouverture de nouveaux crédits. Ces derniers ont été obtenus par la levée des crédits mis en réserve et l'ouverture de crédits par des décrets d'avance et la loi de finances rectificative.