La Cour des comptes a dénoncé, le 11 février 2014 dans un rapport, « l'insuffisance des contrôles sanitaires » sur l'alimentation et l'absence de sanctions à la hauteur des manquements.
La Cour relève que le ministère de l'Agriculture exerce de moins en moins ses missions de contrôle, particulièrement sur les produits phytosanitaires utilisés dans la culture et sur les établissements de transformation de denrées animales.
« La diminution des effectifs dans les services déconcentrés n'est pas pour rien dans cet affaiblissement », note Didier Migaud, le premier président de la Cour. Selon lui, 16 % seulement des contrôles ayant détecté des anomalies moyennes ou majeures ont débouché sur davantage qu'un simple avertissement.
Directement visé, le ministère de l'Agriculture et de l'Agroalimentaire n'a pas tardé à répondre dans un communiqué. Le rapport de la Cour des comptes « fait état d'une situation déjà diagnostiquée » en 2012, que les ministres « s'attachent depuis à corriger et à améliorer ». « Les effectifs de contrôle sont dès à présent sanctuarisés sur l'ensemble du territoire », explique le communiqué. Les deux ministres, Stéphane Le Foll et Guillaume Garot, insistent par ailleurs sur une mesure du projet de loi d'avenir consistant à rendre publics les résultats des contrôles.
