Outre le test de représentativité du monde paysan, les élections aux chambres d'agriculture revêtent un enjeu beaucoup plus matériel : le financement des syndicats, accordé par l'Etat en proportion de leur poids dans le secteur. Le gouvernement préparerait un décret pour revoir les clés de répartition de ces fonds publics, qui s'élèvent cette année à près de 13 millions d'euros.
Depuis 2003, l'enveloppe allouée aux syndicats agricoles est répartie autant en fonction du nombre de voix que du nombre de sièges obtenus à la chambre. Un système ultrafavorable au syndicalisme majoritaire, puisque le mode de scrutin actuel (proportionnel majoritaire) prévoit d'attribuer la moitié des sièges à la liste arrivant en tête, le reste se jouant à la représentation proportionnelle.
Philipe Collin, porte-parole de la Confédération paysanne, souhaiterait revenir au mode de répartition antérieur : « 75 % en fonction du nombre de voix obtenues, 25 % en fonction du nombre de siège. » Ce qui permettrait à son syndicat de bénéficier d'environ 800.000 euros supplémentaires.
Dans l'attente d'un texte officiel, il reste à savoir jusqu'où le gouvernement acceptera de déplacer le curseur. De sa décision dépend la force de frappe des différents syndicats pour les six prochaines années.